Ако Балканскиот Полуостров своето име го добил според планината што се наоѓа во неговата средина, Стара Планина, а Македонија го зазема неговиот централен дел, тогаш лесно може да се дојде до констатацијата дека Република Македонија, претежно, е планинска земја. Нејзината географска положба е мошне поволна: наоѓајќи се долж реката Вардар, Република Македонија ја контролира најкратката сообраќајна артерија, која ја поврзува Средна Европа со југоисточниот дел на стариот континент и понатаму со Блискиот Исток.
На север, преку железница и автопат, Македонија е поврзана со Панонската Низина и Европа, на југ патиштата водат кон Егејот, на исток, преку повеќе гранични премини со Бугарија, Македонија е поврзана со црноморските држави и понатаму со Русија, а на запад, преку граничните премини кај Дебар, Ќафасан и Преспа, е поврзана со албанскиот дел на Јадранското Море и со Средоземјето. Доколку се реализира проектот за изградба на железничка линија од Драч до Одеса, се разбира, која би поминувала преку Македонија, тогаш Републиката би добила уште попривилигирана положба на Балканот, зашто сета сообраќајна фреквенција запад - исток, од Италија до Украина, би се одвивала преку Република Македонија.
Во морфотектонски поглед, тоа географите одамна го констатирале, Македонија личи на шаховска табла: по тектонски пат макрорелјефот на оваа мала земја е составен од планини и котлини. На исток, како дел на родопската маса, се наоѓаат планините Плачковица, Малешевската Планина, Огражден, Беласица, Кожув и уште некои други, а во шарско-пиндската група на запад, влегуваат Шар Планина со повеќе врвови, како, на пример, Титов Врв (2748 м), Турчин (2702), Бриставец (2675), Љуботен (2498), Кобилица (2528), потоа Кораб со врвовите Голем Кораб (2753 метри надморска височина - највисок врв во земјата) и Мала Корапска Врата (2425), Дешат со врвот Веливар (2373), Бистра (2101), Стогово со Голем Рид (2268), Стогово (2218) и Бабин Срт (2240), Јакупица со Солунска Глава (2539) и со Караџица (2472), Галичица со врвот Матаро (2254), Баба Планина со Пелистер (2601) и со Ветерница (2420) и уште некои планини. Меѓу овие планински масиви се наоѓаат и повеќе плодни котлини, како Битолско-прилепската наречена Пелагонија, потоа Тетовско-гостиварската позната како Полог, Скопската котлина, Овчеполието, Тиквешката Котлина, Преспа и уште некои други, помали.
Република Македонија нема ни големи затворени планински подрачја, ниту пак широки и отворени рамнини. Со диференцирана ерозија создадени се отворени котлини, споени со тесни клисури, од кои некои се усечени во мошне отпорни карпи. Типични клисури од овој вид се клисурите на реките Вардар, Треска и Радика.
Ниска и висока Македонија: Забележителни географски разлики постојат меѓу Ниска Македонија на исток и Висока Македонија на запад. Првата, Ниска Македонија, ја опфаќа котлината на реката Вардар и нејзините источни притоки. Во овој дел од Македонија релјефот, благодарејќи на постојаната ерозија, се спуштил: сите дна на котлините се под 250 метри, а планинските прегради меѓу нив мошне ретко ја надминуваат височината од 500 метри: Венец (853 м), Богословец (765), Плауш (907), а Градешката Планина (1158) и Конечката Планина (1152) ја надминуваат височината од илјада метри.
Ниска Македонија е оградена со висок планински појас составен од Осогово (2252 метри), Влахина Планина (1932 метри), Плачковица (1754 метри) и Огражден на исток, и Кожув (2151 метри), Козјак (1569 метри), Дрен (1663 метри), Козјак Плетварски (1746 метри) и Јакупица (2540 метри), на запад. Заедничка карактеристика на Ниска Македонија е голотијата - таа воопшто, нема шуми, со исклучок на кратовско-злетовската област.
Бидејќи главната сообраќајница низ Македонија се поклопува со текот на Вардар низ Ниска Македонија, не е чудно што еден поголем дел од градските населби (Скопје, Велес, Куманово, Штип и Струмица) се врзани токму со оваа река и нејзините притоки.
Висока Македонија ги опфаќа Пелагонија и западното рабно подрачје, во кое особено се истакнува езерскиот регион. Дното на Битолско-прилепската котлина лежи на 560 до 620 метри апсолутна височина. Опкружено е со висок планински раб, кој само ретко е понизок од илјада метри. Пелагонија е македонска житница. Со исушување на мочуриштата преку последователни мелиоративни зафати, создадена е можност за производство на повеќе видови градинарски култури. Другиот дел од висока Македонија има изразито планински карактер. Поголем дел од планините во овој дел од Македонија често ја надминуваат височината од 2500 метри. За оваа Македонија карактеристични се малите котлини. Така, на пример, на север е плодниот Полог, а на југ котлините околу Охридското и Преспанското Езеро, даваат особена специфичност на Висока Македонија.
Флора: Македонија припаѓа на источномедитеранскиот и евросибирскиот вегетационен регион. Оттука и повеќето растителни видови, кои имаат своја северна и јужна граница на ширење. Шуми во Македонија нема доволно: на високите планини, главно, успеваат четинарите, од кои најчест е борот, опеан во многу народни песни. Пониските планини покриени се со бука и даб. Во Македонија, ширејќи се од север, забележително се прошириле даб-благунот и церот, меѓутоа, буката за Македонија останува типично дрво за ниските планини.
Смреката, исто така, е растение карактеристично за растителниот свет во Македонија, како и грмушкините групи од багрем и јоргован. На Пелистер специфично е присуството на ендемичната молика. Воопшто, на оваа планина растат 88 видови дрвенести растенија, што е, речиси, триесет проценти од македонската дендрофлора. Моликовите шуми на Пелистер се издвоени во две заедници: моликови шуми со папрат и моликови шуми со боровинки. Моликата како специфичен четинарски вид, реликт на терцијалната флора, всушност, автохтон петигличен вид бор, е откриена на Пелистер во 1893 година.
Македонија е покриена, таму каде што е покриена, и со македонскиот даб, белиот јавор, жалната и белата врба, евлата, тополата, брестот, полскиот јасен.
Покрај богатите пасишта на Шар Планина и Бистра, треба да се одбележи уште една карактеристика на растителниот свет на Македонија - афионот.
Легендата вели дека пред двесте-триста години некој млад валија, доаѓајќи во Македонија од анадолските простори, прв го донел и го посеал семето на црвениот мак, таму некаде во Овчеполието, од каде што, заради благата клима, тоа набргу се проширило по долините на реките Вардар, Брегалница и Пчиња. Македонското суптропско сонце му погодувало на афионот: се вкоренил тој засекогаш на овој простор. Квалитетот на густиот сок од афионот, односно од црвениот мак, во светот се мери со морфиумски единици: кинескиот опиум содржи осум вакви единици и се смета за висококвалитетен, индискиот опиум содржи една единица помалку од кинескиот, а турскиот "само" шест, додека пак македонскиот опиум содржи цели четиринаесет морфиумски единици и неоспорно е најквалитетниот опиум на светот. Интересно: во земјата каде што се произведува најбараниот опиум нема, и никогаш немало, до неодамна, морфинисти: народот го произведувал само за да ја надмине сиромаштијата. Денес афионот се произведува под контрола и за потребите на фабриката за лекови "Алкалоид".
Фауна: Македонија не е хомогена зоогеографска целина. Нејзиниот главен дел таа го примила од север и од југ, каде што нема природни граници. По последната ледена ера средноевропските животни, заради топлата клима, се повлекле на високите планини, а од југ по низините надоаѓале медитеранските видови животни. На тој начин се случил феноменот карактеристичен само за македонската фауна: на високите планини живеат оние средноевропски животни, кои во Европа живеат во низините!
Фауната на македонските шуми е богата: мечки, диви свињи, волци, лисици, верверици, дивокози, срни - тоа е животинскиот свет на македонските шуми. Рисот, и тоа мошне ретко, го има по планините на Западна Македонија, поточно: на Шар Планина, а еленот, пак, околу Демир Капија. Од шумските птици ја има црната шуна, големиот и малиот тетреб, како и орелот крсташ и големата шумска ушара.
Воопшто, може да се рече: и на земјата, и во неа, и во воздухот, и во водите на Македонија буи животинскиот свет. По долината на Вардар, меѓу медитеранско-егејските видови, продреле и касписката желка, големата црна балканска штипалка, како и повеќе видови слепи подземни термити. Воопшто, мошне интересна и богата е подземната македонска водена фауна, а според некои, таа е најбогата во Европа. Многу родови и фамилии се опишани за првпат најдени токму во подземните води околу Скопје и во него. Откриени се и влезени во големите учебници по зоологија повеќе видови изоподи, амфиоподи, копеподи и остракоди. Во сувоземната подземна фауна има стари родови и видови на разни колеоптерати.
Ширум светот е познато овчарското куче, шарпланинецот, висок шеесетина сантиметри, храбар и тежок борец, кое чувајќи го стадото, во состојба е, кога треба тоа да се брани, да влезе во борба и со мечка, како и со повеќе волци. Шарпланинецот потекнува од пастирскиот пес на старите Епирци, наречен молос. Како раса признат е во 1939 година под името илирски овчар, а од 1956 година како југословенски овчарски пес - шарпланинец.
Охридското, Преспанското и Дојранското Езеро претставуваат посебна фаунска целина, што зборува за долготрајна просторно-временска изолација. Надалеку е позната реликтната фауна на Охридското Езеро со пастрмката летница, со ендемската белвица, со говедарката, грунецот, подустот и пиорот, како и со некои полжави, чиј род е стар и повеќе од триесет милиони години, и чии сродници денес живеат само во водите на Бајкалското Езеро.
Охридското Езеро влезе во сите учебници по зоологија и со јагулата и нејзината нерешена загатка од страна на науката: таа во ова Езеро доаѓа од илјадници и илјадници километри оддалеченото Сарагоско Море и во длабочините на Езерото минува десет години додека полово не созрее. А тогаш, гонета од необјаснив инстинкт, наесен, тргнува на пат назад, кон своето вечно исходиште. Таму ја фрла икрата и умира, а нејзините потомци пак се враќаат назад...
Клима и води: Релјефните структури и специфичната географска положба на Република Македонија овозможуваат во неа да се судруваат и преплетуваат благите средоземни влијанија од југ и острото континентално климатско влијание од север. На тој начин за Македонија се карактеристични студениот и влажен зимски период и сувото суптропско лето, кога температурите можат да се искачат и до 40°Ц, а понекогаш и понекаде и повеќе од тоа.
Не секаде, се разбира. Ваква клима е карактеристична за Повардарието, Овчеполието, Пелагонија и Струмичката Котлина. Во овие реони средната годишна температура се движи околу 15,5°Ц. Во другите делови на Македонија климата е умерено-континентална, додека на повисоките планини суппланинска.
Најпознат ветер во Македонија е "вардарецот", кој дува кон јужниот квадрант, најчесто преку зимата.
Реките во Македонија припаѓаат, главно, на егејскиот слив и нешто малку на јадранскиот. Најголема река е Вардар (420 км).Тој извира кај селото Вруток, Гостиварско, и се влива во Егејското Море кај Солун. Негови десни притоки се Треска (138 км) и Црна Река (222), како и помалите реки Тополка и Бабуна. Негови леви притоки се Лепенец, Пчиња (127) и Брегалница (184). Должината на реката Струмица, која се влива во Егејското Море изнесува 103 км, а Црн Дрим, кој му припаѓа на јадранскиот слив, е долг 122 км.
Во Македонија има три тектонски езера: Охридско, Преспанско и Дојранско. Охридското Езеро зафаќа површина од 349 km2, од кои на Албанија и припаѓаат 119 km2. Езерото се наоѓа на надморска височина од 693 метри, а неговата најголема измерена длабочина изнесува 286 метри. Во соседство на Охридското Езеро, преку планината Галичица, се наоѓа Преспанското Езеро, чија површина изнесува 274 km2, од кои на Албанија и припаѓаат 49 km2, а на Грција еден квадратен километар помалку. Езерото се наоѓа на 853 метри надморска височина, а длабоко е 54 метри. Дојранското Езеро е најмало меѓу овие три езера: неговата површина изнесува само 43 квадратни километри од кои на Грција и припаѓаат петнаесет. Дојранското Езеро се наоѓа на надморска височина од 143 метри, а најголемата негова измерена длабочина не е поголема од десет метри.
Со делувијална глацијација на Шар Планина, Јакупица, Бистра и Баба Планина формирани се неколку десетина циркови, од кои некои, исполнети со вода, претставуваат ретка природна убавина. На Шар Планина, на пример, има 14 вакви "планински очи" со вкупна површина од 500 кв. метри, на надморска височина меѓу 1330 и 2470 метри.
Меѓу вештачките акумулации (нив во Македонија ги има повеќе од десет), најголема е т.н. Тиквешко Езеро со површина од 14 km2 и длабочина од 95 метри. Неговата надморска височина изнесува 260 метри. Нешто помала акумулација е езерото Глобочица - 13 km2. Езерото е длабоко 92 метра и се наоѓа на надморска висина од 580 метри. На надморска височина од 1179 метри се наоѓа Мавровското Езеро, акумулација што зафаќа 12 km2 и е длабока 48 метри.
Сите овие езера забележително влијаат на климата во Македонија: тие ги ублажуваат крајно екстремните ниски и високи температури. На тој начин овозможуваат производство на карактеристични земјоделски култури, како, на пример, памук, мак, сусам, рицинус, кои, во други региони на овие географски широчини, не успеваат.
Лековитите води се природно богатство на Македонија, кое е искористено околу термоминералните извори да се развијат бански лекувалишта, како Косоврасти, Катланово, Кежовица и уште некои други.